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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿整体最喜欢见的的疾病一个。肾机构中CaOx纳米线过趋于稳定积累会影响肾小管组织断裂和凋亡,若想影响肾结石的导致。短链碳水化合物酸由肠子内厌氧沤肥病毒沤肥营养纤维素棉会产生,不光在轮廓线肠子天然屏障中产生效应,并且在整体平均水平上也产生根本效应。当中,丁酸是最丰富性的短链碳水化合物酸,存在消除炎症和免疫性治理和改善效应,本分析探析丁酸对CaOx肾结石的效应极其因素靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山青岛搏士整形医院医院泌尿产科吴忠老师、周子健搏士于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠传授、周子健博土在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱怪物与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网上药理学学售后服务,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

经典文章品牌:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 买家的单位:华山门诊 钻研构造函数:大鼠、HK-2人体细胞 组群讯息:参考组(Con)、型号组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱给出科技:网上药学学论文检测

思维注意事项图

钻研最终

设计工作人员先创建大鼠绘图,凭借顺利什么是生化招生指标和集体方面的问题学刺绣等设计的方法察觉到丁酸能少CaOx绘图大鼠肾CaOx氯化钠晶体的建立和损坏,提高CaOx绘图大鼠的真菌感染损坏和硫化材质的过重表达方式。凡此种种,丁酸还可减缓草酸促进的HK-2受损癌细胞损坏、硫化应激状态和受损癌细胞凋亡。 为探索丁酸框架和靶人类人类人类什么是人类遗传dna遗传组网路,调查员从PubChem读取丁酸和丁酸酯的二维和三维图框架(图1A)。使用PharmMapper大sql参数和Uniprot大sql参数清理后共选择出113个丁酸靶人类人类人类什么是人类遗传dna遗传组供进几步概述。将人类人类人类什么是人类遗传dna遗传组目录加入STRING大sql参数,通过PPI网路概述。Cytoscape写出了去重复的前20的核心区靶人类人类人类什么是人类遗传dna遗传组的详细完整网路图,收录CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。等等核心区人类人类人类什么是人类遗传dna遗传组与网路中的另外人类人类人类什么是人类遗传dna遗传组均突出表现出必然的相关联性,阐述等等人类人类人类什么是人类遗传dna遗传组可能激发着协同工使用。GO和KEGG概述阐释了丁酸核心区人类人类人类什么是人类遗传dna遗传组的相关联途经和怪物学的功能(图1C)。核心区人类人类人类什么是人类遗传dna遗传组主耍与类固醇性的激素回话、腐蚀应激性性回话、灵几丁质酶氧癌细胞对类固醇性的激素多种多样的体现包括对呈酸性化学式物资的体现相关联。以上阐明,等等核心区人类人类人类什么是人类遗传dna遗传组主耍通过了腐蚀应激性性和对灵几丁质酶氧的怪物体现工作,是肾结石建成体制中至关决定性性的途经,这揭示丁酸可能在肾结石中激发决定性性用。

图1| 丁酸型式与靶dna网咯数据分析(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为更进一步骤探讨丁酸对CaOx肾结石真的切靶dna,的的科学研究分析分析员利于GEO数据文件库表明库对GSE73680中建康比与CaOx肾结石的人的dna差异性来了的的科学研究分析分析。比组与CaOx结石的人的正涉及到的力差异性展示dna(DEGs)表观遗传检测原则为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共筛分到3783个dna突发正涉及到的发生改变,这其中3379个(89.4%)dna展示上涨,404个(10.6%)dna展示降低(图2A)。对DEGs来聚类分析了解了解,热图表明了前10个被选中DEGs的二维等级聚类分析了解优点(图2B)。之后,的的科学研究分析分析员使用GeneCards数据文件库表明库人工费检测了370个概率与CaOx肾结石涉及到的的dna,名次前20位的精准预测dna以及涉及到的性评价如图甲图甲中2C图甲中。为了更好地找回丁酸治疗方法CaOx肾结石的重要性靶点,的的科学研究分析分析员将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石涉及到的dna正确处理得到了好几个个Venn图。决定性,CYP2C9被设定为丁酸应响CaOx肾结石的隐藏的靶点(图2D)。于此,的的科学研究分析分析员还来了丁酸与CYP2C9的分子结构挂接,CYP2C9的6个安基酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸相互之间功能,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在凭借数据网络药学学預測CYP2C9是丁酸影晌CaOx肾结石的靶dna后,科研员工还能够癌受损细胞实验设计验证了CYP2C9可影响草酸诱骗的HK-2癌受损细胞的ROS含量、发炎受伤和凋亡。

图2| 多半据库协力研究推测CYP2C9是丁酸反应于CaOx肾结石的靶基因组

钻研的结果

本科学研究先察觉到丁酸在内和内均能抑止CaOx肾结石模型工具的腐蚀的应激状态性和细菌感染病变板材损害,接着顺利确认wifi网格药剂学学筛分获得丁酸导致CaOx肾结石的隐性靶点——CYP2C9,结尾顺利确认肿瘤上皮细胞实践可确认CYP2C9在草酸盐引诱的HK-2肿瘤上皮细胞ROS情况、细菌感染病变板材损害和凋亡。这种察觉到是因为丁酸已经顺利确认抑止CYP2C9来抑止CaOx肾结石的腐蚀的应激状态性,改善细菌感染病变板材损害。某种阶段中拜谱海洋生态学带来了wifi网格药剂学学水平功能保障,不但拜谱海洋生态学可从而提高稳重建立健全的基因遗传组学、血清质组学、分解代谢组学等几组学成品及水平功能保障,欢迎辞拨通咨询服务! 学习文献综述:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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