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Int J Mol Sci | m6A甲基化修饰对糖尿病小鼠认知功能障碍的调控机制

发布时间:2024-08-02
N6-甲基腺苷(m6A)是真核菌物学mRNA中偏核心的转录后淡化,在真核菌物学的病检和内分泌系统软件历程中起着至关核心的帮助。高血糖了解障碍物一种不可逆转的周围神经末梢周围神经系统软件退行性肠道疾病,到目前为止开发.切措施已经仍然表明,但会或缺有用的应对和疗法具体方法。

2024年2月6日,北京大学医学部联合首都医科大学附属北京朝阳医院在International Journal of Molecular Sciences上发表题为“Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice”的研究文章。研究人员探讨了高脂肪饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化的相关机制。该成果中拜谱生态学为其提供m6A甲基化浅析技术工艺精准服务,为糖尿病小鼠高脂肪饮食诱导的认知功能障碍机制提供了新的线索。

好文章名字:Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice(Int J Mol Sci.,IF=6.2,2024.2)

企业公司:北京大学医学部、首都医科大学附属北京朝阳医院

设计村料:小鼠脑组织

拜谱提供数据高技术:m6A甲基化(MeRIP-seq)

小结图:

图1| 内容提要图(图源:Zhaoming Cao, et al., Int J Mol Sci., 2024)

分析导致

1.DCI小鼠海马中m6A人类基因修饰语的修改

科学探索工作考生前提成立了高脂吃饭和社会认知心里障碍(DCI)的小鼠类别。为相对较照表组(n = 3)和DCI组(n = 3)之中的m6A表观遗传淡化,科学探索工作考生用到MeRIP-seq通过了转录组的范围内的m6A-seq分折。在DCI组的10664个商品编号表观遗传转录物(mRNAs)中国国民党看到照表组的23712个不叠加的m6A峰。相较于下面,DCI组表达出23,752个非叠加m6A峰。在这其中,9349个甲基化表观遗传在照表组和DCI组之中叠加(图2)。

图2| 对应组和DCl组m6a绘制染色体的维恩图

共签别出1279个差距甲基化的m6A位点(DMMSs),中间60.88%(778/1278)和39.12%(500/1278)的甲基化水平方向区别相关性不低于参考组。数据分析其布局情況发掘m6A峰布局在全部整个RNA中(图3A),并依据其布局的转录部位包含下五组:5'UTR、3'UTR、转录启始位点部位片断、中断PIN码锁忘了子片断、启始PIN码锁忘了子片断和商品编码编码序列(CDS)。m6A峰的在3'UTR、CDS和中断PIN码锁忘了子火车站附近相关性生物富集(图3B)。想要鉴定等人类表观遗传上m6A突显语的部位,论述考生筛分了有峰注脚的部位,并测试了等人类表观遗传上reads的包括率。在DCI组中,m6A突显语区偏重于于3'UTR区(图3C)。大多数mRNA内的DMMS都被精确定位到染色的的体起来鉴定其布局概述。各种小鼠染色的的体的m6A突显语谱各种。

图3| 小鼠海马中m6A甲基化图谱的变动

为了更好地检验检测m6A装饰在DCI小鼠中的怪物工程学功能表,研究探讨技术人员从几组选出择含带DMMS的蛋清质标识号dna采取GO和KEGG具体定量具体定性分析一下(图4A)。在GO具体定量具体定性分析一下中,高甲基化dna在肿瘤受损组织具体步骤、怪物工程具体步骤监测、催化反应剂的作用活性氧酶类和杂环类类类化合物融入中相微信关联系数丰度。KEGG径路具体定量具体定性分析一下体现,高甲基化dna与T肿瘤受损组织蛋白激酶网络无线信号灯径路、小肿瘤受损组织肝癌和RIG-I样蛋白激酶网络无线信号灯径路相微信关联(图4B)。面对低甲基化dna,GO具体定量具体定性分析一下体现在肿瘤受损组织具体步骤、新陈代谢具体步骤和融入具体步骤中相微信关联系数丰度有机肥料环类类类化合物、融入杂环类类类化合物和催化反应剂的作用活性氧酶类(图4C)。KEGG径路具体定量具体定性分析一下反映了低甲基化dna与肥厚性心肌病和Hippo网络无线信号灯径路的微信关联(图4D)。

图4| 一定的差异甲基化m6A位点的径路丰度

2.m6A MeRIP-Seq和RNA-Seq数据资料的协同定量分析

后来探讨人将m6A MeRIP-Seq的动态数据文件和之前RNA-Seq的动态数据文件通过综合数据分析,发展163个mRNA,m6A峰和mRNA标准同质性更改。41种mRNA的m6A和mRNA标准调涨,14种mRNA标准上涨。另外,30个什么是什么是基因组mRNA表现调涨,m6A标准上涨,715个什么是什么是基因组mRNA表现上涨,m6A标准调涨(图5A)。最后的,整合了了个PPI微信网络来界面显示163个什么是什么是基因组项目编码的核蛋白互相的接连(图5B)。

右图6右图,GO和KEGG剖析涵盖四组:(1) m6A调整,mRNA下跌;(2) m6A调整,mRNA调整;(3) m6A下跌,mRNA下跌;(4) 人类染色体m6A下跌和mRNA调整。在GO剖析中,m6A调整和mRNA下跌的人类染色体在组织分泌期间、香气族类化合物海洋生物人工期间和RNA分泌期间的调空中有明显生物丰度。KEGG剖析表明,这样人类染色体在细胞膜多酸分泌、小组织肺腺癌、丙酸分泌和异丙醇酸分泌中生物丰度。这对m6A调整和mRNA调整的人类染色体,GO剖析表明在亚铁配合、亚胺丙氨酸脱羧酶可溶性、天冬氨酸1-脱羧酶可溶性和组织相连接制做负调空中生物丰度;KEGG剖析表明在2型胃癌、细胞膜多组织分子讯号环路和胰岛素讯号环路中生物丰度。在GO剖析中,m6A下跌和mRNA下跌的人类染色体在寡肽配合、谷胱甘肽配合和二硫阳极化合物阳极氧化的恢复备份酶可溶性中生物丰度,而在KEGG剖析中,它在青金桔酸不断嵌套循环(TCA不断嵌套循环)、丙酸分泌和多动物群凋亡中生物丰度。在GO剖析中,m6A下跌和mRNA调整的人类染色体在胚胎骨关节软骨社会形态有、淀粉酶激酶可溶性激活码和NADP分泌期间中生物丰度,在KEGG剖析中,m6A下跌和mRNA调整人类染色体在新霉素、卡那霉素和神经系统鲜香美味分子讯号环路中生物丰度。

图5| m6A甲基化与mRNA表答的联席浅析

图6| 163个DEGs和DMMS的GO和KEGG进行分析

拜谱生物技术总结ppt

本研究表明高脂饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化。这些改变导致与神经退行性疾病相关的基因甲基化模式的改变,特别是在小鼠的海马区。这些发现为高脂肪饮食诱导糖尿病小鼠认知功能障碍的机制提供了新的见解,可能为糖尿病诱导的海马病变提供新的治疗策略。这一过程中拜谱海洋生物提供了m6A甲基化科技的服务,拜谱海洋生物可提供完善成熟的球蛋白组学、代谢率组学、转录组学、多个学联和商品技术工艺服务培训,欢迎致电咨询!

参照专著:Cao Z, An Y, Lu Y. Altered N6-Methyladenosine Modification Patterns and Transcript Profiles Contributes to Cognitive Dysfunction in High-Fat Induced Diabetic Mice. Int J Mol Sci. 2024. doi: 10.3390/ijms25041990.

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